آشنایی بیشتر و عمیق‌تر با اندیشه و جهان‌بینی ملک‌جان، مستلزم تعمق در مشی معنوی و شیوه‌ی سلوک برادرش، استاد الهی است. از آنجا که ملک‌جان یکی از نزدیک‌ترین و جدی‌ترین شاگردان استاد بود، خواننده می‌تواند با شناخت بیشتر روش ابداعی استاد الهی، به عمق اندیشه‌ی ملک‌جان پی ببرد.
استاد الهی (۱۲۷۴ – ۱۳۵۳)، پایه‌گذار روش بدیعی در معنویت است که بُعد ماورای طبیعی انسان و حقوق و وظایف او را در چارچوبی دقیق ، به دقت مورد بررسی قرار می‌دهد. او مکتب خود را بر حسب ایجاب، مکتب سیرکمال، طب جدید روح، یا معنویت فطری می‌نامد. برای آشنایی بیشتر می‌توان به وب‌سایت و دیگر آثار مکتوب او رجوع کرد.
زندگانی شیخ جانی، همواره به طرزی آشکار، منطبق بر تعالیم و رهنمودهای استاد الهی بود و مصداق بارزی از عمل به معنویت فطری یا طب جدید روح. بنابر مشی ابداعی استاد جسم و روح برخوردار از حق برابراند؛ و روح، با تکیه بر قوای جسمی، قادر به سیر کمال روحی و طّی عوالم معنوی است. ضمناً نمی‌توان از تجربیات و یافته‌های شخصی شیخ جانی در طّی سال‌ها، به آسانی گذشت. در کتاب «ملک‌جان نعمتی»، اشعار و گفتارهای ملک‌جان حکایت از تجربیات و یافته‌های گرانقدر او دارند و نشانه‌های دقیقی از فراز و فرود راه میان‌بُر سلوکی او در اختیار علاقمندان معنویت می‌گذارند.
یادداشت‌های به‌جا مانده از آموزه‌های شیخ جانی حاکی از درک عمیق او از اندیشه و تعلیمات استاد الهی و عمل به یکایک توصیه‌های اوست. خود او در این مورد می‌گوید: «استاد، راهنمای معنوی است، تحقیق کرده و نتایج را برای ما آورده است، شخصاً حرف او را قبول می‌کنم، تجربه سبب شد که من این کار را بکنم، به قدری درسش عمیق است که حد ندارد، چقدر درسش عمیق است… استاد، همه‌ی ادیان را جوهر کشی کرده است.»
ایمان ملک‌جان به حضور یکتا و بقای روح و عالم آخرت، و برداشت او از معنویت بسی فراتر از مرزهای مناسک یک دین خاص بود. ادیان الهی را راه‌های مختلفی برای بازگشت به مبدأ می‌شمرد، و بر آن بود که جوینده همین‌قدر که برسد به مرحله‌ای که بفهمد حقیقت یکی است، دیگر از بابت تفاوت ادیان و مذاهب دغدغه‌ای نخواهد داشت. می‌گفت:
تفاوت گذاشتن بین مقامات معنوی، برای روح ضرر دارد و جبران‌ناپذیر است، زیرا تا خدایی نباشد مقامی وجود ندارد و زمانی که مقام از طرف خدا باشد، هر مأموری برای خلق بیاید از طرف خداست و خدا آن‌ها را بنا به مقتضیات زمان و مکان می‌فرستد. چگونه فرق بدانیم بین عیسی و موسی و محمد (ص) این‌ها هر کدام از طرف خدا مأمورند و مقامشان از طرف خدا بوده.